共有フォルダをリンクフォルダーとして参照している場合、ファイルの並び順も共有できますか

できません。
リンクフォルダー内の位置情報等は、各ユーザーのユーザーフォルダー\リンクフォルダ(拡張子:idm,iDocuWorks)に格納されています。